1548年に草創された歴史のある寺院です。

唯念寺は、天文15年（1546年）品川に浄因権僧都（慶長17年1611年寂）により草創されました。その後、徳川幕府の命により馬喰町への移転を振袖火事（1657年）の後、当地へ移転しました。
塔頭の林柔寺（当寺は林昌軒）の住職の娘（月光院）が、六代将軍家宣の側室となって阿喜与（後月光院）と称し、後の七代将軍家継を生んだことから、寺地拡張、寺領100石の御朱印地を遊馬（現埼玉県遊馬町）に受領しました。
元浅草の光澤山称念寺、赤坂溜池の静龍山澄泉寺と共に江戸の触頭となり真宗高田派本山専修寺の別院格で、林柔寺・願寿寺・南松寺の塔頭3ヶ寺を擁していました。